Ngày 30 tháng 09 năm 1992, Bộ Trưởng Bộ Năng lượng đã ký quyết định thành lập Ban chuẩn bị sản xuất Trung tâm Điều độ HTĐ Quốc gia trực thuộc CT Điện lực 1.

Ngày 11 tháng 4 năm 1994, Trung tâm Điều độ hệ thống điện Quốc gia được thành lập theo quyết định số 180 NL/TCCB-LĐ của Bộ Năng lượng, là đơn vị trực thuộc Bộ Năng lượng; với nhiệm vụ trọng tâm là chỉ huy điều hành hệ thống sản xuất, truyền tải, phân phối điện năng trong HTĐ Quốc gia, nhằm đạt kết quả tối ưu về kỹ thuật và kinh tế; đảm bảo HTĐ Quốc gia vận hành liên tục, tin cậy, an toàn.

Vào ngày lịch sử 27/5/1994, Cố Thủ tướng Võ Văn Kiệt đã tới phòng điều khiển của Trung tâm Điều độ HTĐ Quốc gia để chỉ đạo công tác đóng điện đường dây 500 kV Bắc – Nam. Trước sự chứng kiến của các đồng chí lãnh đạo Đảng và Nhà nước, của Bộ Năng lượng, của các Ban ngành và đơn vị, các Kỹ sư của Trung tâm đã tiến hành đóng điện thành công đường dây 500 kV. Thời điểm đầu tiên hoà điện 4 tổ máy của Nhà máy Thuỷ điện Hoà Bình với HTĐ miền Nam vào 19h07’ ngày 27 tháng 5 năm 1994 đã trở thành mốc lịch sử của sự thống nhất HTĐ trong cả nước, đánh dấu một bước phát triển mới của HTĐ Việt Nam nói chung và công tác điều độ HTĐ ở Việt Nam nói riêng.

Ngày 24 tháng 10 năm 1995, bằng quyết định số 559 NL/TCCB-LĐ của Bộ Năng lượng, chuyển Trung tâm Điều độ HTĐ Quốc gia về trực thuộc Tổng Công ty Điện lực Việt Nam.

Trung tâm Điều độ HTĐ Quốc gia trở thành đơn vị thành viên trực thuộc Tập đoàn. Nhiệm vụ mới giao thêm cho Trung tâm là tiếp nhận điều hành trực tiếp tất cả các nhà máy điện có công suất tổ máy trên 30 MW nhằm khai thác hiệu quả tổng hợp các nhà máy điện, đảm bảo việc cung cấp điện an toàn, ổn định cho các nhu cầu dùng điện trên phạm vi toàn quốc.

Thực hiện chủ trương đổi mới doanh nghiệp nhà nước của Chính phủ, ngày 31 tháng 12 năm 1998, với các Quyết định số 82, 83, 84 /QĐ-BCN của Bộ Công nghiệp, các Trung tâm Điều độ hệ thống điện Bắc, Trung, Nam được sáp nhập với Trung tâm Điều độ hệ thống điện Quốc gia, tạo nên Trung tâm Điều độ hệ thống điện Quốc gia thống nhất với hai cấp điều độ hệ thống điện Quốc gia và cấp điều độ hệ thống điện miền. Toàn Trung tâm đảm nhận nhiệm vụ điều hành trực tiếp HTĐ bao gồm các nhà máy điện có công suất trên 30 MW, hệ thống truyền tải từ cấp điện áp 110 đến 500 kV